Guilherme Afif iniciou sua carreira empresarial em 1963 na Indiana Seguros, companhia fundada por seu avô.
Aos 32 anos assumiu a presidência da Associação das Companhias Seguradoras do Estado de São Paulo.
Por sua capacidade administrativa foi escolhido, um ano depois, para o cargo de diretor da Associação Comercial de São Paulo (ACSP). Nessa época foi também superintendente do jornal Diário do Comércio, da revista Digesto Econômico e do Instituto Gastão Vidigal.
Em 1982 assumiu pela primeira vez a presidência da ACSP, onde permaneceu até 1986, quando deixou o cargo para disputar a Assembleia Nacional Constituinte.
Nessa gestão, Afif idealizou e aprovou o Estatuto da Microempresa, considerado fundamental para o desenvolvimento do país, e criou o Fórum de Jovens Empreendedores.
No mesmo período foi nomeado, também, presidente da Federação das Associações Comerciais do Estado de São Paulo (Facesp).
No Sebrae (Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas) Guilherme Afif pôde colocar em prática seus projetos em benefício das pequenas empresas. Como presidente do Conselho da entidade, entre 1994 e 1996, regulamentou o Simples (Sistema Integrado de Pagamento de Impostos), que estava previsto no artigo 179 da Constituição, elaborado por Afif quando deputado federal constituinte.
Entre 1994 e 1997 Afif foi destaque como presidente da Confederação das Associações Comerciais e Empresariais do Brasil (CACB), período que coincidiu com sua gestão no Sebrae.
Em 2000, em parceria com a ACSP e a Facesp, criou o Movimento Degrau, que inseriu mais de 200 mil jovens brasileiros no mercado de trabalho.
Afif assumiu pela segunda vez, em 2003, a presidência da ACSP, onde ficou até 2007. Foi um dos períodos mais importantes de sua trajetória empresarial, já que ele idealizou o Microempreendedor Individual (MEI), o Feirão do Imposto e o Impostômetro. Também promoveu a campanha De Olho no Imposto, com adesão de 1,5 milhão de pessoas.
